Biblioteka Główna Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie jest jedną z głównych bibliotek uczelni katolickich w Polsce i największą kościelną biblioteką w Krakowie. Nawiązuje do tradycji biblioteki, utworzonego w 1397 r., Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego.

Po 1954 r., kiedy to mocą jednostronnej decyzji władz państwowych, Wydział Teologiczny został przeniesiony do Warszawskiej Akademii Teologii Katolickiej (obecnie Uniwersytetu im. Kardynała Stefana Wyszyńskiego), zaczęto tworzyć bibliotekę naukową, będąca warsztatem pracy profesorów i studentów krakowskiego Wydziału Teologicznego. Nowo powstająca biblioteka przejęła częściowo księgozbiór Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej, a od 1981 r. działała jako Biblioteka Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie. W 2010 r. została przekształcona w Bibliotekę Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie.

W latach 1971–1989 dyrektorem Biblioteki Papieskiego Wydziału Teologicznego, a następnie Biblioteki Papieskiej Akademii Teologicznej, był śp. prof. Tytus Górski. W 1989 r. dyrektorem Biblioteki został ks. dr hab. Jan Bednarczyk, a jego zastępcą mgr Władysław Szczęch. W latach 2012–2022 dyrektorem Biblioteki Głównej była mgr Magdalena Nagięć. Od 1 IX 2022 r. obowiązki dyrektora pełni mgr Sebastian Wojnowski.

Początkowo zbiory biblioteczne gromadzono przy ul. Podzamcze 8. 30 stycznia 1980 r. dokonano tam poświęcenia nowych pomieszczeń bibliotecznych, w których znajdowały się wypożyczalnia, czytelnia oraz magazyn.

Pod koniec lat dziewięćdziesiątych XX w. władze Papieskiej Akademii Teologicznej podjęły decyzję o konieczności budowy nowego budynku dla biblioteki. W październiku 2001 r. wmurowano kamień węgielny pod gmach budynku przy ul. Bobrzyńskiego, a w sierpniu 2002 r. Papież Jan Paweł II poświęcił nowo powstającą siedzibę biblioteki. Do końca 2006 r. zostało wykończone i oddane do użytku ok. ¼ powierzchni nowego budynki. W pomieszczeniach tych we wrześniu 2007 r. otwarto Międzywydziałową Czytelnię Czasopism Biblioteki.

W 2010 r. Uczelnia otrzymała dofinansowanie w ramach projektu „Budowa Biblioteki Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie – dokończenie” z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Małopolskiego Regionalnego Programu Operacyjnego 2007–2013, w ramach działania 1.1.A.

Osiemdziesięciopięcioprocentowe dofinansowanie pozwoliło dokończyć prace budowlane, wyposażyć budynek i rozpocząć działalność w nowym budynku przy ul. Bobrzyńskiego 10.

Biblioteka Główna aktywnie uczestniczy m.in. w Krakowskim Zespole Bibliotek Szkół Wyższych, komputerowym, ogólnopolskim katalogu bibliotecznym NUKAT oraz Federacji Bibliotek Kościelnych FIDES.